Скажите, можно ли размещать ссылки на сайтах с разной кодировкой?
Или же на каждый сайт нужно устанавливать свой скрипт?
Вы непонятно изложили вопрос: "разные" кодировки - это что? Две русские разные: win1251 и utf-8? Или русская и какая-то английская (латинская) кодировка?
Однозначный положительный ответ я давать не буду. Зависит также и от того, какой у вас текст объявлений (русский или английский). Графические изображения - там вообще в принципе все равно, какая кодировка. На практике, касательно вашего случая - проверьте сами, разместите, потестируйте.
Если говорить о русских текстовых объявлениях, то они должны выводиться на страницах с руссой кодировкой. На иностранных сайтах - разумеется будут крокозябры.
Если вдруг будут проблемы с выводом на сайтах, где русская кодировка utf-8 - напишите на емейл поддержки. В принципе на этот случай есть специальный патч, который выводит принудительно и корректно текстовые объявления в кодировке win1251 на сайтах, у которых родная кодировка utf-8.
По поводу устанавливать на каждый сайт скрипт - не понял вас. Если у вас английский сайт, то английские обявления на нем будут выводиться, а русские нет (с крокозябрами). И неважно, стоит скрипт на этом сайте или на другом. Создайте для анлийского сайта английские объявления и крутите их на английском сайте. Для русского сайта - крутите русские обявления. Разные рекламные кампании. Вот и всё.
Если я вас всё-таки неправильно понял и неполностью ответил на ваш вопрос, то в вашем конкретном случае всё можно проверить самостоятельно, путём тестирования различных вариантов.